1 listopada 1946 roku z inicjatywy Anny Gotinowej, powołano Państwową Szkołę Zawodową Specjalną. Był to eksperyment pedagogiczny, pierwsza taka szkoła w Polsce.

Anna Gotinowa była wówczas nauczycielką szkoły podstawowej nr 6 przy ul. Ząbkowskiej 43 na Pradze Północ. Leokadia Frydrychowska, ówczesna jej dyrektorka, tak wspominała starania o zorganizowanie szkoły: 

Po wielu dyskusjach i rozmowach został opracowany projekt organizacji szkoły, jej zadania, program nauki, a także wniosek, żeby taką szkołę w Warszawie utworzyć. To wszystko zawieziono do Ministerstwa Oświaty, które mieściło się w swoim dawnym gmachu, w Al. Szucha (…). Jak można było zawieźć te pisma? Przecież wtedy nie było jeszcze tramwajów ani autobusów. Nie było jeszcze taksówek. Ale na ulicy Targowej stawał ciężarowy wóz (platforma towarowa), zaprzężony w dwa konie. Kierowca tego pojazdu zachęcał pasażerów „Do Warszawy! Do Warszawy!”. Wchodziło się do tego wozu po drabinie przystawionej przez woźnicę i stawało się wśród tłumu ludzi. Wóz ruszał żywo, pasażerowie z trudem utrzymywali się w pozycji stojącej i jechali pełni niepokoju, bo wóz chwiał się i kiwał, zwłaszcza gdy przejeżdżał przez pontonowy most na Wiśle zbudowany przez radzieckich żołnierzy. (…) Wóz dojeżdżał tylko do Alej Jerozolimskich. Dalszą drogę trzeba odbyć pieszo albo pojechać rowerową rikszą. Jazda rikszą była zbyt droga (…).

W niedługim czasie na Ząbkowską przyjechał na rowerze listonosz i przywiózł zgodę ministerstwa. Dyrektorem nowej szkoły mianowano Annę Gotinową. Początkowo szkoła mieściła się przy ul. Ząbkowskiej 43, w pierwszym roku była tylko jedna klasa i 14 uczniów. Kształcono młodzież w zawodach krawca, introligatora, szewca.

W 1947 roku były już dwie klasy i trzykrotnie więcej uczniów. Szkoła otrzymała kilka mieszkań w kamienicy przy ul. Kępnej 17, wyburzono ściany, zawieszono tablice i urządzono sale warsztatowe. 

W roku szkolnym 1948/1949 w trzech klasach uczyło się już 56 uczniów. Przyjmowano zamówienia na oprawę książek i plansz, szyto odzież dla domów dziecka. 

1 września 1951 roku Anna Gotinowa przeszła na emeryturę, zastąpiła ją Zofia Skórzanka, odwołana przez Kuratorium Oświaty po dwóch miesiącach. Dyrektorem mianowano Zofię Wilemborek (późniejsze nazwisko Sierota), która pełniła tę funkcję przez 26 lat. Kierownikiem warsztatów szkolnych (do 1970 roku) został Bolesław Chwaliński (nauczyciel fizyki). Szkoła powiększyła się o budynek przy ul Białostockiej 4, powstały warsztaty bieliźniarstwa i cholewkarstwa.

W roku szkolnym 1959/60 placówka otrzymała dwa baraki przy ul. Karola Wójcika 23/29. Szkoła liczyła już wówczas 800 uczniów!

W roku 1962 otrzymaliśmy nazwę: Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 51 w Warszawie. W tym czasie warsztaty szkolne prowadziły naukę krawiectwa, bieliźniarstwa, szewstwa, kaletnictwa, introligatorstwa, ślusarstwa. 

W roku szkolnym 1964/1965 w szkole było już 900 uczniów. Placówkę podzielono na dwie odrębne szkoły: dla chłopców i dziewcząt. Dla uczennic utworzono szkołę nr 53 i przeniesiono ją do budynku przy ul. Skaryszewskiej 8, chłopcy pozostali w baraku przy ul. Karola Wójcika. 

W 1973 roku Zasadniczą Szkołę Zawodową nr 53 odznaczono medalem Komisji Edukacji Narodowej. 

W roku szkolnym 1978/1979 dyrektorem szkoły został mianowany Mieczysław Połatyński. Od 1984 roku szkołą kierowała Zofia Sierant.

W roku szkolnym 1988/1989 powołano Szkołę Specjalną Przysposabiającą do Zawodu nr 3 o dwuletnim cyklu kształcenia dla potrzeb uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i sprzężeniami. W tym samym roku Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 53 otrzymała imię Anny Gotinowej.

Od 1990 roku dyrektorem placówki była Urszula Zaremba, od 2007 – Małgorzata Rosa. W 2018 roku dyrektorem Zespołu Szkół Specjalnych nr 89 została Magdalena Mecha. 

Historia budynku szkoły

Obecna siedziba szkoły ma długą i tragiczną historię (szczegółowe informacje i ciekawostki na stronie https://www.twoja-praga.pl/praga/ulice/5758.html). Budynek został wzniesiony w latach 1934–1936 dla IV Męskiego Gimnazjum i Liceum im. gen. Jakuba Jasińskiego.

Na zdjęciu poniżej: szkolna orkiestra na dziedzińcu szkoły. Fotografię zrobiono w 1936 roku.

We wrześniu i październiku 1939 roku działało tu także schronisko dla osób bezdomnych. Prawdopodobnie w lutym 1941 roku (według niektórych źródeł już w 1940) okupacyjne władze niemieckie urządziły w gmachu szkoły obóz przejściowy (Dulag I) dla Polaków wywożonych na roboty do Niemiec. Początkowo do obozu trafiali dorośli (mężczyźni powyżej 16 roku życia i kobiety powyżej 17 lat), ale w 1944 roku zaczęto do Rzeszy wywozić także dzieci poniżej 14 roku życia. W czasach okupacji niemieckiej miejsce to było owiane równie złą sławą jak siedziba gestapo w al. Szucha czy Pawiak. Śpiewano o nim w zakazanej piosence „Siekiera, motyka”:

Obóz funkcjonował do wybuchu Powstania Warszawskiego. Przez trzy i pół roku przeszły przez niego dziesiątki tysięcy osób. Dziś o tych czasach przypomina tablica pamiątkowa na froncie budynku. Są też inne ponure pamiątki z wojennych lat – między innymi na elewacji pozostały ślady po pociskach.

O wojennej historii budynku naszej szkoły ciekawie opowiada film Skaryszewska, który został zamieszczony na stronie Portalu Warszawskiego. 

O tragicznych losach więźniów obozu przy Skaryszewskiej można się też dowiedzieć w szkolnej Izbie Pamięci. Zgromadzono w niej m.in. wspomnienia byłych więźniów obozu:https://dulagnaskaryszewskiej.wordpress.com/