W 1946 roku z inicjatywy Marii Grzegorzewskiej, dyrektorki Państwowego Instytutu Pedagogiki Specjalnej (obecnie Akademia Pedagogiki Specjalnej) i przy współpracy Anny Gotinowej, powołano pierwszą w Polsce Państwową Szkołę Zawodową Specjalną nr 51. Początkowo mieściła się ona przy ul. Ząbkowskiej 43 i kształciła młodzież w zawodach krawca, introligatora, szewca i cholewkarza. W roku szkolnym 1964/1965 placówkę podzielono na dwie odrębne placówki: dla chłopców i dziewcząt. Dla uczennic utworzono szkołę nr 53 i przeniesiono ją do budynku przy ul. Skaryszewskiej 8.
Obecna siedziba szkoły ma długą i tragiczną historię. Budynek został wzniesiony w latach 1934–1936 dla IV Męskiego Gimnazjum i Liceum im. gen. Jakuba Jasińskiego. We wrześniu i październiku 1939 roku działało tu także Schronisko dla Bezdomnych. W lutym 1941 roku okupacyjne władze niemieckie urządziły w gmachu szkoły obóz przejściowy dla Polaków (Dulag) wywożonych na roboty do Niemiec. Początkowo do obozu trafiali dorośli (mężczyźni powyżej 16 roku życia i kobiety powyżej 17 lat), ale w 1944 roku zaczęto do Rzeszy wywozić także dzieci poniżej 14 roku życia. W czasach okupacji niemieckiej miejsce to było owiane równie złą sławą jak siedziba gestapo w al. Szucha czy Pawiak. Śpiewano o nim w zakazanej piosence „Siekiera, motyka”:
Siekiera, motyka, piłka, deska,
ta ulica Skaryszewska.
Siekiera motyka i dwie deski,
już jesteśmy na Skaryszewskiej.
(autor słów: Anna Jachnina, autor muzyki: nieznany, 1942 rok)
Obóz funkcjonował do wybuchu Powstania Warszawskiego. Przez trzy i pół roku przeszły przez niego dziesiątki tysięcy osób. Dziś o tych czasach przypomina tablica pamiątkowa na froncie budynku. Są też inne ponure pamiątki z wojennych lat – między innymi na elewacji pozostały ślady po pociskach.
O wojennej historii budynku naszej szkoły ciekawie opowiada film Skaryszewska, który został zamieszczony na stronie Portalu Warszawskiego.
O tragicznych losach więźniów obozu przy Skaryszewskiej można się też dowiedzieć w szkolnej Izbie Pamięci.
W roku szkolnym 1945/1946 do niezniszczonej części gmachu przy ul. Skaryszewskiej powrócili uczniowie męskiego gimnazjum. W 1965 roku budynek został przekazany na potrzeby Zasadniczej Szkoły Zawodowej Specjalnej nr 53 dla dziewcząt. W 1988 roku patronem szkoły została Anna Gotinowa.
Ważniejsze daty w dziejach szkoły
1946
Przy ul. Ząbkowskiej 43 na Pradze Północ w Warszawie powstała pierwsza w Polsce Państwowa Szkoła Zawodowa Specjalna
1949
Szkoła zostaje przeniesiona do budynku przy ul. Kępnej 17
1952
Placówka ma nową siedzibę przy ulicy Białostockiej 4
1951
Szkołę przeprowadzono na ulicę Karola Wójcika 23/29 jako Zasadniczą Szkołę Zawodową Specjalną nr 51
1965
Podział na dwie szkoły: dla dziewcząt i chłopców – dziewczęta zostały przeniesione do budynku przy ul. Skaryszewskiej 8, gdzie utworzono Zasadniczą Szkołę Zawodową Specjalną nr 53. Pierwszą dyrektorką szkoły została Józefa Sierota.
1973
Zasadniczą Szkołę Zawodową Specjalną nr 53 odznaczono Medalem Komisji Edukacji Narodowej
1988
Szkole nadano imię Anny Gotinowej
1988
Powołano Szkołę Specjalną Przysposabiającą do Zawodu nr 2 o dwuletnim cyklu kształcenia dla potrzeb uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i sprzężeniami
1991
Utworzono szkołę ćwiczeń dla potrzeb Wydziału Pedagogicznego Uniwersytetu Warszawskiego
1996
Uczennica Anna Wojtkowska zdobyła złoty medal w tenisie stołowym podczas Mistrzostw Europy w Portugalii
1996
Uroczyste obchody 50-lecia istnienia placówki
1997
Powołano Zespół Szkół Specjalnych nr 3
1999
Uczniowie szkoły zdobywają dwa złote medale w Mistrzostwach Polski w pływaniu
2000
Kolejny sportowy triumf naszych uczniów: sześć złotych medali na Mistrzostwach Województwa Mazowie –
ckiego w pływaniu
2007
Dyrektorem Zespołu Szkół nr 89 została Małgorzata Rosa
2018
Dyrektorem Zespołu Szkół nr 89 została Magdalena Mecha
